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滋賀のクリニックで経理負担を感じている院長は少なくない
開業後しばらくが経つと、多くのクリニック院長から「診療以外の仕事が増えすぎた」という声が出てきます。レセプトの確認、月次の収支管理、スタッフへの給与計算、保険診療と自由診療の売上区分…。これらは一つひとつは小さな作業に見えますが、毎月積み上がると相当な時間を奪います。
厚生労働省「令和5年医療施設調査」によると、全国の一般診療所は2023年時点で約10万4千施設にのぼります（出典：厚生労働省 令和5年医療施設（静態・動態）調査）。その多くが、院長1名または少人数スタッフで切り盛りするクリニックです。診療と経営を同時にこなす状況で、経理業務まで院長が抱えるのは現実的に限界があります。
弊社では、開業後1年以内の院長先生から、確定申告の直前になって経理が追いついていないというご相談をいただくことが多いです。
クリニックの経理が一般企業より複雑な理由
医院・クリニックの経理は、一般の中小企業と比べていくつかの点で構造が違います。この違いを知らずに経理を進めると、決算時に大きな手戻りが発生することがあります。
収入が「窓口収入」と「診療報酬（2ヶ月後払い）」に分かれる
患者が窓口で払う一部負担金はその日に入金されます。一方、保険請求分の診療報酬は翌々月（約2か月後）に支払基金・国保連から振り込まれます。この2種類の収入をきちんと月ごとに対応させて計上するには、未収金の管理が欠かせません。
保険診療（非課税）と自由診療（課税）が混在する
健康保険が適用される診療収入は消費税が非課税です。一方、健診や美容目的の診療など自由診療は課税対象になります。両者が混在するクリニックでは、消費税の仕入税額控除の計算が複雑になり、税務申告の際に誤りが起きやすいポイントです。
医師の概算経費制度がある（個人開業の場合）
個人で開業している医師は「社会保険診療報酬に係る概算経費特例」を使える場合があります。実際の経費額ではなく、診療報酬の一定割合を経費とみなす制度です（租税特別措置法 第26条。社会保険診療報酬が年間5,000万円以下など適用要件あり）。これを活用するかどうか、個別の収支状況に応じて判断が必要です。
スタッフの採用と離職が多い
クリニックは受付・看護師などスタッフの入れ替わりが多い業種です。その都度、社会保険の加入・喪失手続き、給与計算の変更が発生します。小規模な院内では担当者が固定されておらず、引き継ぎミスが起きやすい状況です。
院長が経理を自分でやり続けるリスク
「スタッフが少ないから仕方ない」「会計ソフトに入力するだけだから」と考えて院長自身が経理を続けるケースがあります。ただ、これにはいくつかの現実的なリスクがあります。
診療が終わった後に経理作業をする場合、疲労状態での数字の確認になります。入力ミス、勘定科目の分類誤りが起きても、月次でチェックする仕組みがなければ決算直前まで気づきません。
また、クリニックの経営状況を月ごとに把握できていないと、資金繰りの悪化に気づくタイミングが遅れます。診療報酬の入金スケジュールを踏まえた手元資金の管理は、クリニック経営の安定に直結します。
ご自身で経理を進めるつもりでいたクライアントが、実際には時間が取れず、確定申告直前にどうしようもない状況になるケースがあります。
経理代行（税理士法人への依頼）で何が変わるか
月次で数字が整理される
毎月、領収書・請求書・通帳データをもとに仕訳と記帳が行われ、月次試算表が作成されます。院長はその試算表を見て経営判断に集中できます。数字の入力作業は代行側が担うため、院長がパソコンに向かう時間が大幅に減ります。
診療報酬入金のサイクルに合わせた資金管理
税理士法人GrowUpでは、クリニック特有の「診療報酬2か月後払い」サイクルを踏まえた月次チェックを行います。入金予定と実際の支出スケジュールを合わせて確認するため、「来月の支払いに資金が足りない」という事態を早期に把握できます。
確定申告・決算をスムーズに対応
年度末に慌てて領収書を整理する必要がなくなります。月次で記帳が整っていれば、申告期限に余裕を持って対応できます。また、個人開業医か医療法人かによって税務処理が変わりますが、その違いも含めて対応します。
▶ 医院の法人化を検討している方は「法人成りのメリットと個人事業税の控除について」（/setsuritsu/546/）も参考にしてください。
給与計算・社会保険手続きも一括対応
スタッフの給与計算、雇用保険・社会保険の加入・喪失手続き、年末調整まで、労務周りの作業を一括して依頼できます。院長やスタッフが都度調べながら手続きする手間がなくなります。
「業種別対応」が重要な理由
経理代行を依頼する際、クリニックの場合は「医療業の経理に慣れた事務所」を選ぶことが大切です。一般的な法人の経理と医院の経理では処理の仕組みが異なります。
税理士法人GrowUpは滋賀県内のクリニックや医療機関の顧問実績があります。診療報酬の未収金処理、保険診療と自由診療の区分管理、医師の概算経費特例の適用判断など、医療業特有のポイントを押さえた経理代行を行っています。
また、経理代行だけでなく、融資相談、法人化の検討、節税スキームの提案まで、経営全体のサポートも一体で対応しています。
クライアントが自分の時間を確保できるようになって喜んでくれることがよくあります。
まとめ
クリニック・医院の経理は、保険診療と自由診療の区分、診療報酬の入金サイクル、医師特有の税制など、一般企業とは異なる処理が多い業務です。これを院長自身で管理し続けることは、診療の質にも影響します。